Sử chép Chu Do Tung bình sinh tính cách ám nhược, mê đắm tửu sắc, mọi việc chính sự đều ủy thác cho Mã Sĩ Anh và hoạn quan Nguyễn Đại Trình, mặc cho Mã, Nguyễn mua quan bán tước, lấy việc công trả thù riêng, chính sự Nam Minh ngày một suy đồi, không ngừng phát sinh nội loạn. Bên ngoài, Sử Khả Pháp cầm quân Giang Bắc, bốn trấn Hoài, Dương, Phượng, Lư, lấy Hoàng Đắc Công, Lưu Lương Tá, Lưu Trạch Thanh, Cao Kiệt làm tổng binh thống lĩnh, Nam Minh xuất hiện cục diện quân phiệt hóa, tướng lĩnh ở tiền tuyến không những tranh giành quyền bính mà còn công kích lẫn nhau.[6]

Chu Do Tung sau khi lên ngôi đã sai tuyển thục nữ nhập cung, phái hoạn quan tới phía nam kinh thành tìm kiếm, phàm nhà nào có con gái đều treo biển dán chữ vàng, toàn thành Nam Kinh xáo động. Lại sai trùng tu Tây cung thành Từ Hi cung để an trí kế mẫu là Trâu thái hậu. Tháng 8 năm đó. Trâu thái hậu từ Hà Nam đến Nam Kinh, ngày 14 tháng 8 dụ cho ba bộ Hộ, Binh, Công " Thái hậu giá tới, hạn nội trong ba ngày phải tìm đủ một vạn quan tiền, làm xong sẽ thưởng ". Ngày 16 tháng 8, lại sai làm giường long phượng, giường đính giá, cung điện lắp vàng ngọc, tính qua hết đến mười vạn lạng [7]. Đêm trừ tịch năm Sùng Trinh thứ 17 (1644), Hoằng Quang đế ngồi một mình trong Hưng Ninh cung, đột nhiên không vui, thái giám Hàn Tán Chu hỏi: " Cung điện sắp xây xong, hoàng thượng lẽ ra phải vui mới phải, cớ sao vẫn buồn rầu, có phải đang nhớ đến hoàng huynh (Sùng Trinh) không ?" Hoằng Quang không đáp, một lúc sau mới nói: " Lê viên thù thiếu giai giả " (ý nói còn thiếu người đẹp mới đủ) [8]. Tháng giêng Hoằng Quang nguyên niên (1645), hạ lệnh tu sửa điện Phụng Tiên thành Nam Kinh, hai cửa Tả Hữu Dịch môn của Ngọ Môn, lại phái thái giám Điền Thành tới hai phủ Hàng Châu, Gia Hưng tuyển thục nữ.

Ngày 3 tháng 9 năm Sùng Trinh thứ 17, Hoằng Quang đế hạ lệnh truy tặng thụy hiệu cho các đại thần tuẫn nạn ở Bắc Kinh, văn thần 21 người, huân thần 2 người, thích thần 1 người, cùng các khai quốc công thần: Dĩnh quốc công Phùng Quốc Dụng, Tống quốc công Phùng Thắng, Đức Khánh hầu Liệu Vĩnh Trung, Tế quốc công Đinh Đức Hưng, Trường Hưng hầu Cảnh Bỉnh Văn; các đại thần tử nạn thời Kiến Văn đế: Phương Hiếu Nhụ, Tề Thái, Hoàng Tử Trừng, Trần Địch, Cảnh Thanh, Trác Kính, Luyện Tử Ninh; các đại thần Tương Khâm, Lục Chấn chết vì can gián thời Vũ Tông; các đại thần chết vì nạn Yêm đảng thời Hy Tông: Tạ Quang Đẩu, Chu Triều Thụy, Chu Tông Kiến, Viên Hóa Trung, Cố Đại Chương, Chu Khởi Nguyên.

Ngày 1 tháng 3 năm Hoằng Quang nguyên niên, có người tự xưng là Thái tử Chu Từ Lãng (con của Sùng Trinh đế) tới Nam Kinh, Hoằng Quang đế hạ lệnh bắt giam, sau mệnh cho bách quan thẩm vấn ngoài Ngọ môn, cuối cùng xác định được thái tử giả tên là Vương Chi Minh, sử gọi là Sùng Trinh thái tử án. Tháng 3, Ninh Nam hầu Tả Lương Ngọc cử binh tới Vũ Xương, lấy danh nghĩa " cứu Thái tử, giết Sĩ Anh", Hoàng Đắc Công, Nguyễn Đại Trình suất binh chống cự, Nam Minh phát sinh nội loạn. Đúng lúc đó, Dự Quận vương Đa Đạc nhà Thanh suất đại binh nam hạ, công hãm Quy Đức, Dĩnh Châu, Thái Hòa, Tứ Châu.

Tháng 4 Tân Tị năm Hoằng Quang nguyên niên, quân Thanh tiến công trọng trấn ở Giang Bắc là Dương Châu, Đốc sư Giang Bắc kiêm Binh bộ Thượng thư Sử Khả Pháp lãnh đạo bách tính trong thành chống quân Thanh, quân Thanh vây hãm 100 ngày, tổn thất không nho. Sử Khả Pháp xin triều đình viện binh, nhưng vì bọn trấn tướng cầm quân đấu đá lẫn nhau, không có viện binh nên thành Dương Châu mất. Quân Thanh sau khi công phá được Dương Châu tiến hành tàn sát dân chúng trong thành suốt mười ngày, sử gọi là Dương Châu thập nhật. Tháng 4 Giáp Tí, Hoằng Quang đế ở Nam Kinh cống viện tuyển thục nữ 70 người, lại chọn cháu gái của Nguyễn Đại Trình vào hầu. Tháng 4 Nhâm Tuất, Hàng Châu đưa đến thục nữ 50 người, lại tuyển lấy hai người, một người họ Chu, một người họ Vương [9].

Ngày 8 tháng 5 năm Hoằng Quang nguyên niên, quân Thanh từ Qua Châu vượt sông, Tuần phủ Trấn Giang là Dương Văn Thông chạy tới Tô Châu, Tĩnh Lỗ bá Trịnh Hồng Quỳ chạy về Đông Hải, tổng binh Tưởng Vân Đài đầu hàng. Ngày 10 tháng 5, Chu Do Tung hạ lệnh thả các cung nữ mới tuyển, nửa đêm cho gánh hát vào cung diễn kịch, canh hai sáng sớm hôm sau Chu Do Tung suất nội quan bốn, năm mươi người cưỡi ngựa ra khỏi Thông Tế môn, không ai biết đi đâu, sớm hôm sau bách quan vào triều thì thấy nội thần, cung nữ, kép hát người người chạy ra ngoài theo hướng Tây Hoa môn, trong thành đại họa. Mã Sĩ Anh đem Trâu thái hậu đi trốn. Thị dân Nam Kinh cứu vị thái tử từ phương bắc đang bị giam trong ngục đưa vào cung, lên ngôi tại Vũ Anh điện [9]. Ngày 12 tháng 5, Chu Do Tung tới phủ Thái Bình (nay thuộc các thành phố Mã An Sơn và Vu Hồ tỉnh An Huy), lấy Án sát viện làm hành cung, sau đó di giá tới Vu Hồ, chạy tới quân doanh của Tĩnh quốc công Hoàng Đắc Công. Ngày 15 tháng 5, quân Thanh vào Nam Kinh, Ngụy quốc công Từ Văn Tước, Bảo quốc công Chu Quốc Bật, Linh Bích hầu Thang Quốc Tộ, Định Viễn hầu Đặng Văn Úc cùng Thượng thư Tiền Khiêm Ích, Đại học sĩ Vương Đạc, Đô ngự sử Đường Thế Tế, tất cả đều cạo đầu gióc tóc hàng Thanh.

Sau khi quân Thanh lấy được Nam Kinh, Đa Đạc mệnh cho hàng tướng Lưu Lương Tá dẫn quân truy kích Hoằng Quang đế. Ngày 22 tháng 5, tổng binh là bọn Điền Hùng, Mã Đắc Công, Khâu Việt, Trương Kiệt, Hoàng Danh, Trần Hiến Sách bắt được Hoằng Quang đế trên thuyền ngự nộp cho quân Thanh. Dự Quận vương Đa Đạc truyền bỏ xích sắt, lấy dây đỏ trói lại. Ngày 25 tháng 5, Chu Do Tung ngồi kiệu nhỏ vào Tụ Bảo môn ở Nam Kinh, đầu đội khăn đen, mặc áo bào xanh, cầm quạt che mặt, có hai phi tần theo sau, chịu để bách tính hai bên đường thóa mạ. Đa Đạc truyền thiết yến tại phủ Linh Bích hầu, mệnh Chu Do Tung ngồi phía dưới vị thái tử phương bắc.[10] Tiệc xong, đưa Hoằng Quang đế về huyện sở Giang Ninh.